《复旦学报（医学版）》是由教育部主管、复旦大学主办的向国内外公开发行的综合性医药卫生类学术性核心期刊。其前身是《上海医科大学学报》，创刊于1956年6月。主要刊登基础医学、临床医学、药学、预防医学等领域的以原创性研究为主的论文。

《中国癌症杂志》（ISSN 1007-3639, CN 31-1727/R）1991年创刊，是由中华人民共和国教育部主管、复旦大学附属肿瘤医院主办的全国性肿瘤类学术期刊，月刊。名誉主编为汤钊猷、曹世龙、沈镇宙教授，主编为邵志敏教授。其宗旨是“服务读者，成就作者”。

《肿瘤影像学》杂志（原《上海医学影像》杂志，2013年3月正式更名）是复旦大学主管、复旦大学附属肿瘤医院主办的学术类期刊。主编常才、樊卫、彭卫军，双月刊，64页，中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊），入选《复旦大学学位与研究生教育国内期刊指导目录》B类核心期刊。

《微生物与感染》为季刊，主编闻玉梅。2008年，共发表述评3篇，论著25篇（其中由国家自然科学基金资助的论著5篇，国家“973”和“863”计划资助的论著5篇，其他项目资助的论著3篇），综述21篇，其他文章34篇。

《中国感染与化疗杂志》主编汪复。2008年，完成全年6期的编辑出版工作，每期印数11 000册，全年总发行量为66 000册。本刊获得2007年度“中国百种杰出学术期刊”称号。经过中国精品科技期刊遴选指标体系综合评价，本刊被评选为2008年度中国精品科技期刊。

《中国循证儿科杂志》由教育部主管，复旦大学主办的儿科专业学术技术类期刊，主编桂永浩。杂志为双月刊，全年共发7期(包括增刊1期)。刊发论著42篇，专家对谈录7篇，讲座2篇，综述10篇，病例讨论2篇，病案报告7篇。

《中国眼耳鼻喉科杂志》是由教育部主管，复旦大学附属眼耳鼻喉科医院主办的全国性专业学术期刊，是中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、复旦大学核心期刊。主任委员王正敏，主编孙兴怀、迟放鲁。已被万方数据、中国知网及重庆维普数据库全文收录。

《中国临床医学》杂志主编杨秉辉。该刊系教育部主管复旦大学附属中山医院主办的临床医学类学术期刊，为中国科技核心期刊，中国科技论文统计源期刊，中国科学引文数据库来源期刊。被中国期刊全文数据（CJFD）、万方数据库数字化期刊全文收录；被国家图书馆、中国版本图书馆、上海图书馆等全文收录。

《中国临床神经科学》主编蒋雨平。是由教育部主管，复旦大学附属华山医院、复旦大学神经病学研究所主办的医药卫生类科技期刊。2000年起为中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊综合评价数据库等5家期刊数据库收入并评为中国科技核心期刊。

《中国医学计算机成像杂志》(Chinese Computed Medical Imaging) 名誉主编陈星荣，主编沈天真。该刊由教育部主管，复旦大学上海医学院和复旦大学附属华山医院主办。编辑部日常工作由复旦大学附属华山医院负责。杂志为中国科技期刊、中国学术期刊（核心期刊）。

《中国临床药学杂志》是由中国科学技术协会主管，中国药学会主办，复旦大学药学院承办的国家级科技期刊。创刊于1992年，主要报道我国临床药学及相关领域研究成果与实践。