5月19日上午，2019年度上海市科学技术奖励大会在上海展览中心举行，隆重表彰了为上海科技创新事业和经济社会发展作出突出贡献的科技工作者。附属华山医院徐文东团队领衔的项目荣获2019年度上海市科技进步奖特等奖，这是自2012年恢复特等奖评选以来复旦大学零的突破。复旦大学上海医学院共获奖13项（人），其中特等奖1项，一等奖4项，二等奖6项、三等奖1项，青年科技杰出贡献奖1人。
附属华山医院教授徐文东团队的“基于脑可塑理论新发展修复残障上肢功能的新方案”项目荣获特等奖。该项目以突破思维引领颠覆技术，通过左右颈七神经交叉移位，将瘫痪上肢神经换接到同侧健康大脑，实现“换中枢”，不仅实现功能显著恢复，更打破了“肢体是由对侧半球支配的，成人大脑是固化不变的”传统理论，确立了我国在该领域的世界“领跑”地位。
附属眼耳鼻喉科医院教授李华伟领衔的“数字化耳鸣诊疗装备的研发及推广”项目获得技术发明一等奖。项目组历经十余年研制出具有自主知识产权的耳鸣诊疗装备，该国产设备具有检测效率高、疗效显著、保护听觉功能、具备耳鸣慢病管理和认知康复等优势，显著提高了耳鸣标准化诊断和个体化康复治疗水平。
附属中山医院教授周俭领衔的“基于液体活检和组学平台的肝癌诊断新技术和个体化治疗新策略”项目获科技进步一等奖。该项目建立循环微小核糖核酸（miRNA）肝癌早期诊断新技术，转化生产国际首个miRNA肝癌检测试剂盒；首创基于循环肿瘤细胞（CTC）的肝癌转移复发预警新体系，成功研发国际首台全自动CTC分选检测系统；整合应用靶向深度测序、循环肿瘤DNA和病人来源移植瘤模型形成链条式肝癌个体化诊疗新策略。项目成果写入国家卫健委发布的《原发性肝癌诊疗规范（2019年版）》，达国际先进水平。
获科技进步一等奖的还有附属中山医院教授孙爱军领衔的“心力衰竭与线粒体代谢异常机制及防治策略”项目。该项目揭示了代谢关键分子调控心衰的机制，提供了心衰防治的新思路，并提出以线粒体代谢为靶点的心衰预防策略；发现毛壳素这一抗肿瘤药能调控线粒体代谢，具备成为抗心衰治疗新药物的潜力；还证实钠通道基因突变可经由损伤线粒体功能导致心衰，并发现中国人群遗传性心衰的4个高危基因。项目成功入选《中国医学论坛》的“全球心血管十大发现”，被同行评价为“拓展了传统观点”。
2019年度上海市科学技术奖首次设立科学技术普及奖，复旦大学附属眼耳鼻喉科医院教授周行涛领衔的“SMILE还近视眼一个微笑”项目获科学技术普及一等奖。该项目聚焦近视防治，从“防”和“治”两个领域针对社会大众最关心的话题进行近视防治科普。团队出版科普书籍《SMILE还近视眼一个微笑》，通过央视《健康之路》等电视及自媒体等多种形式进行科普，并以复旦大学附属眼耳鼻喉科医院和上海市眼视光学研究中心为主体，促进关爱近视公益活动并建设“近视小飞侠”公益项目。
青年科技杰出贡献奖自2012年设立以来，每年评选不超过10人，均为45岁以下青年科技人才。附属眼耳鼻喉科医院教授赵晨获青年杰出贡献奖。他长期致力于小儿眼科临床诊疗，及先天性、遗传性眼病，特别是严重致盲眼病视网膜变性疾病基础与转化医学研究，发现视网膜变性原发病变的首个治疗靶点和潜在药物，揭示视网膜新生血管病变目前临床治疗药物存在一系列缺陷的理论基础和改进方向，在国际上率先设计应用新一代遗传性视网膜病变的基因检测方法，建立了相关辅助临床诊断体系，为数以万计患者的遗传咨询和临床诊断提供了全新的分子信息和技术基础。
基础医学院孟丹领衔的项目“血管新生与重构发生机理及心血管病防治”获自然科学二等奖；公共卫生学院史慧静领衔的项目“基于青春发育时相的健康效应综合评估”、附属中山医院汪昕领衔的项目“难治性癫痫的发病机制及干预研究”、附属中山医院王春生领衔的项目“心脏瓣膜病微创外科治疗的技术优化和推广应用”、附属中山医院郭剑明领衔的项目“肾癌精准微创诊疗体系的建立”和附属浦东医院禹宝庆领衔的项目“创伤骨科手术入路的创新、内固定器械的设计及临床应用”分别获科技进步二等奖；附属儿科医院郑继翠领衔的项目“防危杜患—儿童伤害预防”获科学技术普及三等奖。
